В последние годы княжества Василия Ивановича (1524–1533 гг.) В Москве появились первые люди из числа приглашенных ремесленников, врачей и купцов. Церковная община была создана несколько позже, между 1560 и 1565 гг., А в 1576 г. на берегу Яузы, в церкви святого архангела Михаила. В 1694 г. симпатизировавший европейцам царь Петр Я построил новую каменную церковь во имя святого апостола. Новый храм просуществовал до 1812 г. и время Большого Московского пожара.
В 1817 г. приход приобрёл усадьбу Лопухиных близ Покровки, в Старосадском переулке. На средства короля Фридриха-Вильгельма III и при поддержке императора Александра I в июне следующего года началась перестройка купольного дома под церковь (возведение купола и креста). 18 августа 1819 г. её освятили. В феврале 1837 года в кирхе впервые зазвучал орган. Когда в середине столетия число членов общества превысило 6 тысяч, было принято решение о восстановлении храма по плану архитектора А.Майнхарда в неоготическом стиле, который был завершен в январе 1862 года. В 1892 г. приход приобрёл новый 42-х регистровый орган у известной немецкой фирмы «Э.Ф.Валькер», ставший лучшим концертным статусом Москвы.
Лютеранская церковь играет важную роль не только в религиозной, но и в музыкальной жизни столицы - в ней выступают известные московские и иностранные исполнители. Например, 4 мая 1843 г. состоялся органный концерт Ференца Листа, о котором писали многие известные люди того времени. Александр Иванович Герцен записал в дневнике свои впечатления от концертов этого выдающегося исполнителя: «Лист, которого слушала, иногда навертывается слеза. Поразительный талант!»
К началу XX века церковь святых Петра и Павла насчитывает 17 тысяч человек (14 тысяч немцев, 2 тысячи латышей, 600 эстонцев, 150 финнов и шведов). Богослужения совершались не только на немецком, но и на латышском и эстонском языках. Вопрос о перестройке церкви с целью ее расширения. Церковный совет в 1903 году объявил конкурс на лучший проект здания церкви; первую премию получил В.Ф. Валькот. Архитектурное решение академика В.А. Храма Христа Спасителя. 5 декабря 1905 года состоялось освящение церкви в качестве Кафедрального собора Московского Консисториального округа.
Сегодня Кафедральный Собор Петра и Павла в Старосадском переулке - главная лютеранская церковь России. В Евангелическо-Лютеранской Церкви и резиденции Архиепископа Дитриха Брауэра, который входит в состав Совета по взаимодействию с религиозными объединениями при Президенте Российской Федерации.
18 августа 2019 года Евангелическо-Лютеранский Кафедральный Собор свв. Будет праздновать 200-летие со дня освящения. Состоится торжественное богослужение и концерт.