В 1874 г. Генеральный совет евангелическо-лютеранской консистории в Санкт-Петербурге по просьбе ялтинских лютеран обратился в Министерство внутренних дел с заявкой на возведение церкви. Лютеранская церковь святой Марии построена в 1885 г. на средства прихожан, а также пожертвования германского и российского императоров.
В Советское время церковь была закрыта, но здание сохранилось. В начале 90-х годов прошлого века церковь была отреставрирована на средства Евангелическо-лютеранской церкви Баварии, надолго ставшей надёжным и верным партнёром Немецкой Евангелическо-лютеранской церкви Украины (НЕЛЦУ), входящей в состав Союза Евангелическо-Лютеранских Церквей в России и других государствах (ЕЛЦ). После окончания реставрации и наполнения церкви церковным имуществом на средства партнёрской Церкви Баварии, Владимир Эмрих, самовольно провозгласивший себя пастором, используя различные грязные схемы и обманные действия, введя в заблуждение представителей руководства города, зарегистрировал автономную общину и выгнал общину НЕЛЦУ на улицу. Церковь все прошлые десятилетия боролась за свое право проводить богослужения в своем храме, но часто на стороне Эмриха был административный ресурс. После очередного решения здание церкви должно было быть передано НЕЛЦУ, но ввиду событий 2014 г. процесс приостановился.
27 октября 2021 года Администрация города Ялты Республики Крым передала Евангелическо-Лютеранской Церкви России в бессрочное пользование церковь св. Марии. Для проведения торжественного богослужения в День Реформации с празднованием возвращения церкви св. Марии прибыли заместитель архиепископа Владимир Проворов и глава Администрации ЕЛЦЕР Виктор Вебер. Однако, несмотря на все попытки войти в церковь, сделать этого так и не удалось. Здание безо всяких на то оснований уже долгое время используется частным лицом или лицами в коммерческих целях (мини-отели и проч.), прикрываясь документами автономной религиозной организации и организаций, не имеющих отношения к исторической лютеранской общине Ялты. Возвращение храма верующим, очевидно, совсем не входит в планы недобросовестных деятелей.
Ранее неоднократно предпринимались безуспешные попытки навести порядок. Но пока ялтинским лютеранам остается молится и надеяться на то, что в ближайшее время правда все же восторжествует и они на уже имеющихся законных основаниях наконец смогут вернуться в свой родной Божий дом.